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Als Flötist konzertierte Edmund Wächter in vielen Ländern Europas und in den USA, vor allem im Duo mit seiner Frau, der Flötistin Elisabeth Weinzierl, und in erweiterter Besetzung. Über 150 Kompositionen hat das Duo uraufgeführt und zahlreiche Werke für zwei Flöten aus früheren Epochen wiederentdeckt. Aufnahmen von rund 300 Werken für verschiedene Rundfunkanstalten und 30 CDs dokumentieren die künstlerische Tätigkeit.
Als Flötenpädagoge unterrichtete Edmund Wächter viele Jahre am Institut für Musikpädagogik der Ludwig-Maximilians-Universität in München. Regelmäßig wird als Juror sowie als Leiter von Flöten- und Fortbildungskursen eingeladen. Seine Unterrichtswerke für Flöte sowie mehr als 80 weitere Notenausgaben entstanden ebenfalls in Zusammenarbeit mit Elisabeth Weinzierl und sind bei renommierten Verlagen erschienen.
Ehrenamtlich ist Edmund Wächter im Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Flöte, Präsidiumsmitglied des Deutschen Tonkünstlerverbands, Vorsitzender des Vereins Tonkünstler München e.V. und Leiter des Münchner Regionalwettbewerbs «Jugend musiziert».